Az "Utolsó ítélet" sajnos csak erôsen megváltoztatott alakban maradt ránk. Nem mindenki volt elragadtatva tôle, sôt az ellenreformáció fokozódó megerôsödésével növekedett azoknak a száma, akik megütköztek a mû sok ruhátlan alakján. Az a nagyszerû szabadság, mellyel az antik világhoz szorosan kapcsolódó érett reneszánsz a mezítelen emberi testet ábrázolta, és amelyet a sixtusi mennyezet mezítelen alakjainak alkotója még természetesnek vett, a vallásos túlbuzgók egyre növekvô seregének szemében a szentség profanizálásának tûnt. Már III. Pál szertartásmestere, Biagio da Cesena a mezítelen alakok tömegét "fürdô"-nek nevezte és a szót a gátlástalanul gúnyolódó Pietro Aretino megismételte, méghozzá egy rosszmájú nyílt levélben, melyet Michelangelónak címzett. (1, 57. old.)
Aretino álszenteskedve botránkozott meg azon, hogy (Michelangelo) a meztelenség orgiáját vetítette oda egy templom falaira. Azt azonban már nem tette hozzá, és valószínûleg észre sem vette, hogy ez a meztelenség minden, csak nem boldog. Annak az Erosznak, ami oly természetesen társul a meztelen szépséghez, és amit oly tavaszi mámorral fedezett föl a meztelen testben a reneszánsz, még csak árnyéka sincs itt. Meztelen szépség még soha nem volt szebb és tökéletes szépségében gyötrelmesebb, mint a Sistina freskóin.
Az eretneküldözô IV. Pius (1555-1559), aki bevezette a tiltott könyvek indexét, meg akarta semmisíteni a mûvet és csak a mûvészek nyomatékos kérésére elégedett meg azzal, hogy Michelangelo tanítványával, Daniele da Volterrával ágyékkendôket festessen. A tridenti zsinat, amely 1563-ban, utolsó ülésén egyebek között vallásos képekre is kiterjedô dogmatikai döntéseket hozott, új veszélyt jelentett úgyannyira, hogy XIII. Gergely alatt (1572-1585) újra felvetôdötta teljes megsemmisítés. Az oltári gyertyák füstje, a szakszerûtlen tisztítások, az ágyékkendôk új meg új átfestése, sôt egyes alakok teljes felöltöztetése még a XVIII. században is tovább ártottak a freskónak.